Het gentiaanblauwtje is ernstig bedreigd door verslechtering van zijn leefgebieden. Hij komt namelijk vooral voor op zandgronden, dit in verband met zijn symbiose met de klokjesgentiaan en bossteekmier. Door verzuring als gevolg van ammoniakdispositie zijn die minder talrijk geworden. Ook droge omstandigheden zijn slecht, evenals te snelle verandering van droge naar vochtige omstandigheden. Deze ervaring is opgedaan bij speciaal opgezet natuurbeheer.

Het Gentiaanblauwtje heeft een zeer bijzondere levenscyclus. Hij is namelijk afhankelijk van 2 andere organismen: de Klokjesgentiaan en de Bossteekmier. De vlinder legt zijn eieren uitsluitend op de Klokjesgentiaan en wel op de knoppen. Na 10 dagen komen de eieren uit en dan eet de rups zich naar binnen in de knop. Na weer circa 10 dagen laat de rups zich op de grond vallen. Hij moet dan wachten tot hij opgepakt wordt door de Bossteekmier die hem meesleept naar zijn nest. De mieren in het nest worden door een chemische camouflage zodanig misleid dat ze de rupsen met voorrang gaan verzorgen.